Skierowana do uzgodnień międzyresortowych i konsultacji społecznych nowela ustawy o VAT pociągnie za sobą konieczność wymiany albo aktualizacji programów księgowych i rozliczeniowych stosowanych w firmach. Niektórzy doradcy podatkowi i przedstawiciele organizacji przedsiębiorców podkreślają, że to będzie proces bardziej skomplikowany niż w przypadku dostosowania systemów firmowych do ostatnich znaczących zmian w stawkach tego podatku. Tym razem trzeba je będzie dostosować do nowego harmonogramu rozliczania VAT, głównie, choć nie wyłącznie, za sprawą jednej z planowanych zmian — nowej zasady określenia momentu, w którym rodzi się obowiązek podatkowy.
Doradcy podatkowi, w tym np. skupieni w Radzie Podatkowej PKPP Lewiatan, eksperci Krajowej Izby Gospodarczej czy PwC podnoszą, że przemodelowanie systemów księgowych i rozliczeniowych może być dość kosztowne, poza tym wymaga czasu (m.in. na przeszkolenie użytkowników programu), którego może zabraknąć, jeśli nowela zostanie uchwalona dość późno. Zmiany mają zacząć obowiązywać 1 stycznia 2013 r. Ich szczegóły powinny być znane przedsiębiorcom i biurom rachunkowym obsługującym firmy kilka miesięcy wcześniej.
Z informacji „Pulsu Biznesu” wynika, że firmy oferujące niezbędne oprogramowanie przyglądają się uważnie planowanej nowelizacji. Nie mogą jednak przystąpić do pracy nad szczegółowymi rozwiązaniami, dopóki nowe przepisy nie będą uchwalone. Już teraz np. wiadomo, że projekt oficjalnie zaprezentowany przez resort finansów różni się częściowo od nieoficjalnej, ale szeroko komentowanej wcześniej wersji. Dotyczy to np. zapowiadanej zmiany terminu powstania obowiązku podatkowego u małych podatników, którzy przeszli na metodę kasową rozliczeń VAT. Zmiany jednak nie będzie.